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前5世紀、レウキッポスとデモクリトスが「万物は原子と虚空からなる」と提唱したことに始まる。近代ではドルトンが化学的原子論を確立(1803年)、ボーア・ハイゼンベルクらの量子力学へと発展。物質の究極的構成要素を問う探究は、「複雑な現象を単純な構造へ還元する」という科学的思考の原型でもある。