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ヒトの消化管に生息する細菌・真菌・ウイルスなど数百兆個の微生物群集。その総称が腸内フローラ（腸内細菌叢）であり、近年のメタゲノム解析によって免疫制御・代謝・脳機能への広汎な影響が明らかになっている。個人差が大きく、食事・環境・抗生物質が組成を左右する。
19世紀後半、ルイ・パスツールが発酵・腐敗・感染症が微生物によって引き起こされると実証した理論。白鳥の首フラスコ実験で自然発生説を否定し、低温殺菌法、炭疽ワクチン、狂犬病ワクチンを実用化した。コッホと並び、近代細菌学と衛生医学の父となった。