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ヒトの消化管に生息する細菌・真菌・ウイルスなど数百兆個の微生物群集。その総称が腸内フローラ(腸内細菌叢)であり、近年のメタゲノム解析によって免疫制御・代謝・脳機能への広汎な影響が明らかになっている。個人差が大きく、食事・環境・抗生物質が組成を左右する。